深圳子科生物報道：2019年12月，新型冠狀病毒性肺炎（COVID-19）在武漢暴發(fā)，并迅速向全國范圍蔓延，復(fù)旦大學(xué)附屬上海市公共衛(wèi)生臨床中心與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)國家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施、上海血液學(xué)研究所、醫(yī)學(xué)基因組學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗室、瑞金醫(yī)院臨床病毒學(xué)實(shí)驗室，復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院分子病毒實(shí)驗室、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬同仁醫(yī)院、中科院植物生理生態(tài)研究所、上海巴斯德研究所和上海營養(yǎng)與健康研究所等單位通力合作，就新型冠狀病毒基因組、分子流行病學(xué)特點(diǎn)、疾病臨床特征進(jìn)行了深入研究。

根據(jù)WHO最新統(tǒng)計顯示，截至2020年5月20日，全世界累計確診病人超過490萬，累計死亡病例超32萬。COVID-19病人的表現(xiàn)可以從無癥狀攜帶、輕癥到需要呼吸機(jī)甚至體外膜肺氧合（ECMO）維持生命的危重癥患者，這其中的關(guān)鍵決定性因素仍然有待破解。同時，新型冠狀病毒病毒（hCoV-19）是否在傳播過程中發(fā)生明顯的基因突變，導(dǎo)致病毒毒力和傳染性的改變，也急需進(jìn)一步研究。

復(fù)旦大學(xué)公衛(wèi)生中心盧洪洲教授與設(shè)施主任陳賽娟院士領(lǐng)銜的聯(lián)合攻關(guān)團(tuán)隊，收集了公衛(wèi)中心在2020年1月20日-2月25日期間收治的326例患者標(biāo)本，對病毒基因組變異、臨床表現(xiàn)特點(diǎn)和免疫反應(yīng)改變等數(shù)據(jù)進(jìn)行了全面深度分析。

這一題為“Viral and host factors related to the clinic outcome of COVID-2019”的文章公布在5月20日Nature雜志上。

研究團(tuán)隊不斷改進(jìn)技術(shù)方法，高質(zhì)量完成了112例新冠病毒基因組測序、組裝和解析。基于病毒基因組序列的進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)，hCoV-19主要有兩個分支（Clade I 和Clade II）。已確認(rèn)有華南海鮮市場接觸史的6例患者均集中在其中一個分枝中（Clade I），而Clade II患者無該接觸史，提示COVID-19疫情的發(fā)生并不局限于華南海鮮市場。

研究人員通過對疫情暴發(fā)的不同時間階段和不同區(qū)域患者的hCoV-19基因序列（截至2020年3月初）變異特征的比較分析，從上海病例分離的病毒基因組中識別了169個堿基改變，其重復(fù)出現(xiàn)的突變與已公布的病毒序列一致，呈現(xiàn)較為穩(wěn)定的進(jìn)化過程，提示該病毒可能在疫情早期就已適應(yīng)在人類宿主中傳播。

同時發(fā)現(xiàn)， hCoV-19兩個分支的傳播性、致病性和臨床表現(xiàn)等方面無顯著差異，未發(fā)現(xiàn)與COVID-19重癥患者有顯著相關(guān)的病毒變異序列。從臨床和免疫學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，COVID-19患者淋巴細(xì)胞明顯減少，尤其是重癥患者CD4+和CD8+ T細(xì)胞呈顯著進(jìn)行性下降趨勢，且炎性細(xì)胞因子IL-6和IL-8明顯增高。COVID-19疾病發(fā)展嚴(yán)重程度的決定因素主要與患者年齡、基礎(chǔ)疾病及淋巴細(xì)胞減少和相關(guān)的細(xì)胞因子風(fēng)暴密切相關(guān)，為疾病向重癥轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵預(yù)警因子。依據(jù)上述臨床資料分析采取早期針對性干預(yù)措施，將有助于阻止疾病的進(jìn)展。 

同時，研究團(tuán)隊向中國國家組學(xué)數(shù)據(jù)百科全書（The National Omics Data Encyclopedia，NODE） (http://www.biosino.org/node)、全球流感序列數(shù)據(jù)庫(GISAID)和NCBI的國際序列數(shù)據(jù)庫（SRA）遞交了112個病例的新冠病毒基因組高質(zhì)量序列數(shù)據(jù)。設(shè)施也搭建了重大疾病大數(shù)據(jù)平臺新冠病毒基因組數(shù)據(jù)交互式、開源在線分析網(wǎng)站（http://ncov.linc.org.cn/）。國內(nèi)外科研單位和科學(xué)家均可完全共享相關(guān)研究數(shù)據(jù)。這對于進(jìn)一步認(rèn)清新型冠狀病毒的分子流行病特征、疾病發(fā)生發(fā)展特性，為重癥病人早期診斷和治療，以及為藥物和疫苗研發(fā)提供了重要的參考依據(jù)，為最終戰(zhàn)勝COVID-19，保護(hù)全人類生命安全做出重要的貢獻(xiàn)。

該項研究得到了設(shè)施學(xué)術(shù)委員會主任、上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院終身教授陳竺院士親力親為、悉心指導(dǎo)。公衛(wèi)中心張小楠研究員，凌云副主任、易志剛研究員，設(shè)施譚云博士、劉峰博士和呂綱助理研究員為該論文的共同第一作者。公衛(wèi)中心盧洪洲教授、設(shè)施主任陳賽娟院士和重大疾病基因組學(xué)研究平臺負(fù)責(zé)人王升躍研究員為共同通訊作者。

原文標(biāo)題：

Viral and host factors related to the clinic outcome of COVID-2019