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深圳子科生物報道:中國的研究人員提出了一種基于機(jī)器的學(xué)習(xí)方法來預(yù)測COVID-19的傳播,能比經(jīng)典的病毒傳播模型更準(zhǔn)確地估計無癥狀病例的數(shù)量。
利用基于機(jī)器學(xué)習(xí)的細(xì)粒模擬器(MLSim)改進(jìn)了復(fù)雜傳輸過程的建模和無癥狀案例的潛在數(shù)量,可以幫助決策者更有效地平衡抗疫措施。
無癥狀個體
在人與人之間傳播的COVID-19病毒并不總是引起相關(guān)疾病癥狀:如呼吸問題、喉嚨痛和發(fā)燒。然而,無癥狀的人仍然具有傳染性,能夠?qū)⒓膊鞑ソo其他人。越來越多的證據(jù)表明,無癥狀但有傳染性的個體數(shù)量正在增加,一項研究估計,多達(dá)60%的患者可能是無癥狀的,也可能只是輕度癥狀。
估計未被發(fā)現(xiàn)的無癥狀感染的數(shù)量對于遏制病毒傳播至關(guān)重要。然而,這很難做到準(zhǔn)確。
南京大學(xué)的Zhi-Hua Zhou和同事在MedRxiv上發(fā)表預(yù)印文章(正在進(jìn)行同行評審),“如果我們能對病毒傳播方式進(jìn)行建模,就完全有可能從現(xiàn)有的流行病數(shù)據(jù)中推斷出未觀察到的無癥狀患者數(shù)量?!?/p>
目前,有兩種主要的方法來模擬傳播和預(yù)測疾病傳播。
一種是動態(tài)傳播模型,如易感感染恢復(fù)(Susceptible Infected Recovered,SIR)模型,該模型考慮了易感病例、感染病例、恢復(fù)病例的因素,并使用方程來模擬個體的變化。這些模型在長期推廣預(yù)測傳播方面是有效的。然而,它們往往過于簡單化了復(fù)雜的、真實的傳播過程,并且很難與流行病學(xué)數(shù)據(jù)相匹配,這會導(dǎo)致大量的錯誤。
另一種方法是使用機(jī)器學(xué)習(xí)模型,如具有長期短期記憶(LTSM)的遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(recurrent neural networks,RNNs),這些模型與流行病數(shù)據(jù)非常吻合,并能做出適用于近期的準(zhǔn)確預(yù)測。然而,這類模型很難做出長期預(yù)測,也很難解釋,難以將不同的決策納入其中。
現(xiàn)在,Zhou和同事采用從中國31個省和其他6個國家獲得的參數(shù),測試了基于機(jī)器學(xué)習(xí)的細(xì)粒模擬器(MLSim)方法
他們寫道:“傳統(tǒng)的病毒傳播模型通常比MLSim做更多的假設(shè),只留下幾個有待確定的參數(shù)。要優(yōu)化的參數(shù)越多,MLSim的表現(xiàn)能力就越強(qiáng)?!?/p>
作者說,MLSim包含了許多實際因素,如潛伏期內(nèi)疾病的進(jìn)展;人們在不同地區(qū)之間的活動;無癥狀、未被發(fā)現(xiàn)的病例,以及預(yù)防和遏制措施的有效性。
這些因素是如何相互作用的,模型使用虛擬傳輸動力學(xué)與待定參數(shù),機(jī)器學(xué)習(xí)已在流行病數(shù)據(jù)中找到了精確定位。學(xué)習(xí)首先緊密匹配真實世界的數(shù)據(jù),然后MLSim再預(yù)測無癥狀個體的數(shù)量。
該小組報告說,MLSim比基于SEIR和LSTM的模型做出了更準(zhǔn)確的預(yù)測。通過學(xué)習(xí)中國的數(shù)據(jù)MLSim發(fā)現(xiàn),無癥狀個體的數(shù)量可能為150408,占推斷感染總數(shù)的65%,其中包括未被發(fā)現(xiàn)的病例。4月15日,意大利無癥狀但有傳染性的人數(shù)為41387人;德國為21118人;美國為354657人;法國為40379人,英國為144424人。
模擬結(jié)果還顯示,如果中國大陸采取遏制的措施比1月23日晚1、3、5和7天的話,預(yù)計6月12日的確診病例數(shù)分別為109039例(129%)、183930例(218%)、313342例(371%)和537555例(637%)。
結(jié)論
“基于機(jī)器學(xué)習(xí)的細(xì)粒模擬器可以更好地模擬復(fù)雜的真實疾病傳播過程,從而有助于平衡遏制措施的決策,模擬器還揭示了潛在的大量未被發(fā)現(xiàn)的無癥狀感染,這對病毒的遏制構(gòu)成了極大的風(fēng)險?!?/p>
研究人員還指出,盡管這種“混合知識和數(shù)據(jù)學(xué)習(xí)方法”并沒有得到普遍認(rèn)可,“但是我們發(fā)現(xiàn),當(dāng)數(shù)據(jù)稀少,而知識豐富但不準(zhǔn)確時,比如新的傳染病爆發(fā)的情況下,它非常有用,”研究小組總結(jié)說。
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