深圳子科生物報道：單細(xì)胞測序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年《Science》雜志評選的十大科學(xué)突破之首。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)、腫瘤微環(huán)境等領(lǐng)域的研究利器。

2019年11月12日，Nucleic Acids Research在線發(fā)表了中科院生物物理所高通量測序中心題目為“SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes”的論文，發(fā)布第一個單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫及數(shù)據(jù)在線可視化平臺。SpatialDB系統(tǒng)收錄了來自5個物種由8種空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)，建立了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析處理流程，實現(xiàn)了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的在線可視化，同時提供了空間差異表達(dá)基因及其功能富集分析的注釋。

SpatialDB的開發(fā)工作主要由中國科學(xué)院生物物理研究所高通量測序中心(http://159.226.118.31/CHTS/)完成。該中心于2014年在陳潤生院士領(lǐng)導(dǎo)下成立，至今已累計為所內(nèi)外數(shù)十個課題組和單位提供了超過1.5萬機(jī)時的高通量測序服務(wù)。除了提供常規(guī)測序服務(wù)之外，中心順應(yīng)測序技術(shù)發(fā)展方向，不斷開發(fā)新技術(shù)新方法，努力建成創(chuàng)新型測序中心。中心建立并優(yōu)化了低起始量文庫制備、單鏈DNA文庫制備等實驗技術(shù)，開發(fā)了高通量測序數(shù)據(jù)分析和可視化新方法，申請發(fā)明專利2項，并已授權(quán)。

為滿足研究所單細(xì)胞測序需求，中心近期引進(jìn)了10x Genomics單細(xì)胞文庫制備系統(tǒng)，能夠提供21種單細(xì)胞測序服務(wù)。2019年9月10x Genomics公司推出了空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)，中心與10x Genomics中國代理公司建立合作，共同提供空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)服務(wù)。高通量測序儀價格昂貴且更新?lián)Q代速度快，長期被國外公司壟斷，為解決高通量測序儀“卡脖子”問題，中心于2019年初引進(jìn)了國產(chǎn)高通量測序儀，在保證測序質(zhì)量和產(chǎn)出量的同時，測序成本也降到了國外測序儀的水平。為了更好的提供高通量測序服務(wù)，中心舉辦了常規(guī)技術(shù)講座，對有特殊需求的用戶提供專門的技術(shù)支持。關(guān)于高通量測序中心的更多信息，請訪問中心網(wǎng)站：http://159.226.118.31/CHTS/

中國科學(xué)院生物物理研究所陳潤生院士、陳小偉高級工程師為本文共同通訊作者。中國科學(xué)院生物物理研究所高通量測序中心范珍高級工程師為本文第一作者。感謝科學(xué)研究平臺韓玉剛主任和李雪梅副主任長期以來的幫助和支持。該文章獲得中國科學(xué)院關(guān)鍵技術(shù)人才項目、國家自然科學(xué)基金[31871307, 31801072, 31701122, 31520103905]和國家重點(diǎn)研發(fā)項目[2018YFA0106901]的資助。

原文標(biāo)題：

SpatialDB: a database for spatially resolved transcriptomes